Pelos valores que você informou, não há indicação de repor ferro, vitamina B12 ou vitamina D por conta própria. 

-Ferritina 61 ng/mL: em princípio, não sugere deficiência importante de ferro. 

-Vitamina B12 436 pg/mL: valor geralmente adequado.

-Vitamina D 90 ng/mL: está alta, não baixa.

O ponto principal é outro: fraqueza, sensação de peso, cansaço há meses e dores nas pernas à noite merecem investigação além das vitaminas.

A dor predominantemente noturna merece uma avaliação melhor. Se for uma inquietação/desconforto que obriga a mexer as pernas e melhora ao caminhar, lembra síndrome das pernas inquietas. Se forem cãibras, o caminho é outro. Se houver dor muscular verdadeira, fraqueza para subir escadas ou levantar-se de uma cadeira, formigamento ou dor irradiada da coluna, muda novamente a investigação.

Eu não atribuiria esses sintomas simplesmente à falta de vitaminas, especialmente com esses três resultados. 

O mais prudente será agendar consulta com um clínico geral competente, ou com um endocrinologista. Você mora em Teresina? Posso indicar-lhe um médico competente para avaliar seu caso.